慕寿棋出生于镇原县平泉镇一个书香世家，其父兄皆为饱学之士。慕寿祺受家风影响，幼时即过“六艺”经传，熟读诸子百家。18岁时赴泾川参加童试，答卷文采飞扬，令当时督考、甘肃学政蔡燕生大为惊叹，被拔为诸生第一名，选人兰州求古书院深造。1903年，慕寿棋考中举人，次年被甘肃文科高等学堂聘为历史主任教员。
    慕寿祺在深人钻研学问的同时，认真考察当时中国的社会状况。他深知满清政府的腐《(亏黑暗和帝国主义的凶恶残暴，逐步树立起推翻满清统治拯救中华的革命志向。宣统末年，在安徽经友人介绍加人了中国同盟会，决心以发展近代教育为基础，改造中国社会。
    他通过调查当时甘肃教育状况，写成《调查录》8卷，痛陈旧学弊端，力主改良学堂，在兰州掀起了一股“革古鼎新”的旋风。1911年2月26日，他集结甘肃进步人—亡，在甘肃法政学堂集会，要求甘肃当局宣布共和，取民国年号。3月15日，他通电全省实行共和，迎来临洮李镜清主持省务，成立临时省议会，被选为临时议会议员。他还与友人捐资在兰州设立阅报社，传播《民报》、《革命军》等进步读物。武昌起义的消息传到兰州后，慕寿祺振奋异常，大声疾呼甘肃要响应东南各省，立刻废弃帝制，改为共和政体。1912年5月，国民党中央本部派周之翰来甘，会同慕寿棋等人办理党务。11月28日，在左公祠举行的开幕典礼上，慕寿祺被公举为临时主席，主持选举会议，被选为甘肃临时议会议长。一时间，慕寿祺被公认为“甘肃国民党领袖”，威望日著。
    1913年，他担任甘肃省长公署秘书长，国民党人势力随之大张，遂引起本省共和党人的嫉恨。袁世凯大权独揽后，开：始在全国迫害国民党人，慕寿祺被投入狱中，虽不久被开释，但丧失丁在政界的地位。1918年，袁世凯复辟失败，慕寿祺重归政界，连续担任要职。在担任甘肃省政府顾问期间，清廉公正，先后弹劾贪官污吏10余人。1932年，镇原县长周民逸伪造帐目，贪污公款2700多银元。他得知后，向省政府多次举告，终使周民逸被撤职查办。
    1935年，国立甘肃学院成立后，慕寿祺转入学界，任该院文史系教授。他先后整理出版《音韵学源流考》、《吏治研究所行政类讲义》等书，并重修镇原县志20卷。
    抗日战争爆发后，慕寿祺大力拥护国共合作一致对外的主张，积极参加抗日救亡活动，与共产党人樊大畏等人，写了不少反映抗日的杂文、戏剧、诗歌等，被誉为省城知名进步人士的代表。
    1945年4日，他主持创办《拓报》，宣传进步思想。第二：年8月，甘肃学院更名为兰州大学，这日寸，慕寿棋已年逾古稀、体弱多病，被迫离开教坛。1947年2月病逝，葬于兰州龚家湾南坪。
    慕寿祺一生不但竭力从事进步社会活动，其文史研究方面的著述也颇为丰富，计有《周易简义》、《读经笔记》、《经学概论》、《陇上同名录》、《河伍天雁》、《甘肃省历代大事记》、《求是斋群粹录》、《吏治研究·行政类讲议》、《尊孔论》等30余部。其中《甘宁青史略》堪称一部西北百科全书，该书共40卷，由燕京大学校长赵尔巽题辞，赵元贞和李炳校对，刘庆笔等知名人亡作序，记载—了自伏羲氏以来4000多年间甘宁青三省的政治、经济、军事、文化、宗教、民俗、地理等历史，成书后影响很大。另有《中国小说考》一书，由于右任作序，文笔洗练，见解独到。