清廷镇压了同治年间西北回族的反清起义后，并没有从中总结、汲取应有的经验教训，没有及时反省自身对回族、撒拉族所推行民族岐视、民族压迫政策的过错，反而制定了更多的限制措施和高压政策，这样的措施和政策只能更加加深矛盾，带来更严重的后果。 
    清光绪十七年(1891年)，河湟地区久旱不雨，粮食欠收，粮价飞涨，循化地区小麦由每石1000文涨至15000文。然而劳动人民负担的赋税差徭依然如旧。光绪十九年(1893年)又遇灾年，循化厅等12处收成仅为七成。连年灾情的泛滥，使回、撒群众中早就酝酿汇集的反抗暗流不断显露，也就是在这个时候，那些代表着各种政治和宗教势力的民族宗教上层分子为争权夺利，又一次挑起了教派之争。光绪二十一年(1895年，农历乙未年)，轰轰烈烈的“河湟事变”就是在如此尖锐复杂的历史背景下爆发的。 
 　循化、河州相继树起反清大旗的消息传开后，河湟各地回民群起而响应。五月，海原回民李倡发父子联合河州回民马匡匡、赵百祥等杀死海原知县起事。一时间，西宁韩文秀、碾伯冶主麻、巴燕戎格马成林、大通刘四伏、门源包良、狄道马维翰及丹噶尔等地回民皆揭竿而起，“至六月而全湟骚动”。 
   历时一年有余，有十数万回族、撒拉族群众参加的一场大规模的反清斗争，在清廷的倾力镇压下最后以失败而告终。随后，董福祥便利用马安良、马福禄等一批从镇压反清回民的血腥中成长起来的爪牙，开始了对河湟回族、撒拉族群众的又一轮屠杀。 
   河湟事变后，马安良由花瓴总兵衔副将升任巴里坤总兵，马福禄所率安宁军被正式编入甘军，旗官马海宴得到嘉奖，其子马麒也得到了六品军功牌。这样，在清政府的扶持下，马安良等成为清政府控制西北回族人民的政治工具。